El GOB ha presentado alegaciones al Plan de Gestión Natura 2000 de la costa del Llevant de la isla, un instrumento de planificación que pretende conservar los hábitats naturales y las especies silvestres presentes en siete espacios de la zona que ocupan 5.115 hectáreas terrestres y marinas. Afecta a las zonas de Cap Vermell, Punta de n'Amer, Cales de Manacor, Punta de Ras, área marina Costa de Llevant, Costa de Llevnt y Portocolom.
El grupo ecologista lamenta que el plan «no presenta objetivos de conservación», por lo que «no podrá determinarse objetivamente el estado de conservación de los elementos clave ni evaluar el éxito del plan», según sostienen. El GOB recuerda que este déficit "es muy importante" ya que "recientemente el Tribunal Supremo anuló diversos planes de gestión en Extremadura precisamente por este problema".
Asimismo, el GOB insta a «impulsar la mejora del tratamiento de las aguas residuales», ya que hay cuatro emisarios que afectan a zonas protegidas, y a elaborar una cartografía más detallada que establezca las posibles zonas de fondeo regulado o condicionado.
Las alegaciones del colectivo ecologista también proponen una estrategia para reducir las capturas accidentales de aves marinas por parte de la flota pesquera balear. Por otra parte, en la zona ZEC de Portocolom "el impacto generado por la navegación y el fondeo genera una degradación grave y muy evidente de las condiciones ecológicas", por lo que insta a prohibir cualquier aumento de la capacidad de acogida de embarcaciones en la zona y a crear o ampliar infraestructuras que afectan a la dinámica del litoral. El GOB sugiere también la limitación de la escalada durante los meses en que se pueden producir molestias a la reproducción de aves que crían en los acantilados. Por último, reclama la prohibición de motos acuáticas debido al impacto que generan.
