Hace mucho tiempo que Javier Rodrigo de Santos saldó todas las deudas pendientes que tenía con la justicia y cumplió la larga condena de prisión que le impuso la Audiencia de Palma por los dos casos por los que fue condenado. El primero de ellos fue por los pagos sexuales, en un club de ambiente homosexual, que abonó con una tarjeta de crédito municipal.

Debido a los delitos por los que fue condenado, antes de que la cárcel le otorgara los primeros permisos, se le obligó a realizar un curso en la propia prisión, para controlar sus impulsos sexuales.

Durante su estancia en prisión Javier Rodrigo de Santos no protagonizó ningún incidente destacado. Es más, pronto se integró en los programas que se organizaban en el centro y atendió a nuevos reclusos que entraban en el penitenciario de Palma.

Casado y padre de cinco hijos, De Santos siempre destacó durante su etapa política por su integración en asociaciones religiosas ultracatólicas. Su relación con estas organizaciones le habría facilitado la posibilidad de conseguir un empleo una vez que abandonada la cárcel tras cumplir la condena de siete años. Fue recomendado por una monja para dirigir este programa de ayuda a los reclusos, a través de esta organización que actúa en Madrid. Su trabajo en la fundación que creo el padre Garralda se centraba en dirigir los programas de ayuda a la reinserción de los reclusos.