El 12 de febrero de 1933, el entonces jefe del Gobierno de la II República española del bienio social-azañista y ministro de la Guerra, Manuel Azaña Díaz, firmó la orden de nombramiento del general de brigada Francisco Franco Bahamonde como jefe de la Comandancia Militar de Balears. Es el 16 de marzo siguiente, un mes después de su nombramiento, cuando el general Franco llegó acompañado de su familia y de su ayudante, el comandante Francisco Franco Salgado-Araujo, primo hermano suyo, como él, nacido en El Ferrol. Gracias a sus libros de memorias se conocen muchas facetas de la estancia y labor de Franco en Balears.
Los Franco se trasladaron a su nuevo destino en el barco correo de Valencia. Tras el recibimiento, con presencia de una representación de mandos de la guarnición de Mallorca, la familia Franco se dirigió al palacio de La Almudaina, sede de la Comandancia Militar de Balears, ya que las capitanías generales habían sido suprimidas. Éste fue su lugar de mando y residencia mientras ejerció el mando militar del archipiélago.
El nombramiento del general Francisco Franco lo decidió Manuel Azaña. Según testimonios, el entonces ministro de la Guerra, durante el mandato de las izquierdas, en plena II República, tomó esa decisión "para quitarse un peso de encima y tenerlo más alejado de las tentaciones conspiratorias". Este nombramiento tuvo su paradoja, ya que la jefatura de la Comandancia General de Balears era de general de división, categoría que Franco no tenía. Además, se daba la circunstancia de que el Gobierno había congelado todos los ascensos militares conseguidos en la guerra de Marruecos, lo que provocó que Francisco Franco se viera desplazado de ser número uno de los generales de brigada, de los que había en aquella época 36. Situación en la que ascender a general de división, como era su gran objetivo, parecía imposible, según algunos de sus biógrafos militares. Otros biógrafos de Franco insinúan que el traslado a Balears lo tomó como una afrenta, por lo que tuvo la tentación de dejar el Ejército y dedicarse a la política. Debido a su talante conservador, hay constancia de que la CEDA, dirigida por Gil Robles, le envió un emisario a Palma para captarlo, si bien Franco declinó el ofrecimiento. Hay que tener en cuenta que mientras en Balears se vivía una cierta tranquilidad política, en la península, después del intento de sublevación del general Sanjurjo, el 10 de agosto de 1933, saldada con un fracaso, las izquierdas se encontraban en ebullición mientras las derechas seguían buscando volver al poder tanto a través de las urnas o con un golpe militar.
Inmediatamente tras su toma de posesión como máximo jefe militar de Balears, Franco se sumerge en una importante actividad. Visita las diferentes unidades mallorquinas y viaja a Menorca y las Pitiüses. Su objetivo principal, mientras esté al mando del archipiélago, será potenciar en lo posible la defensa de sus islas, por lo que iniciará un importante plan de artillado, especialmente en Menorca, siguiendo el plan de artillado del frente marítimo de las bases de Ferrol-Coruña, Cartagena y Maó, aprobado en 1926 por el Gobierno de Primo de Rivera. La situación internacional así lo requiere, ya que Mussolini, dictador fascista de Italia, con sus ambiciones imperiales en África, especialmente en Libia y Abisinia, no deja de mirar a Balears, por su posición estratégica en el Mediterráneo occidental, proyectando, incluso, planes para ocuparlas.
En las primeras semanas de su mando en Mallorca, acompañado por su ayudante y primo, Franco recorre los puntos más estratégicos y sensibles de un desembarco enemigo en la isla, especialmente las bahías de Alcúdia y Pollença, aunque sin dejar olvidada la extensa costa de Llevant. En el hostal de la playa, de la Colonia de Sant Jordi aún se recuerda que Franco y su primo se alojaron en él, en una de sus visitas a esa zona. De madrugada, según testimonio de su ayudante, los dos Franco se dirigían a la costa norte en coche para proseguir a caballo inspecciones sobre los terrenos más abruptos del escarpado litoral de los municipios de Pollença y Alcúdia. Franco Salgado-Araujo cuenta que una vez, en plena prospección del terreno, siempre a caballo, les sorprendió un aguacero, por lo que llegaron a Pollença totalmente calados. Secaron sus ropa en la primera taberna que encontraron, cubriéndose mientras tanto con ropas de faena que les dejaron unos pescadores.
En octubre de 1936, Franco convoca y preside la junta local de defensa y armamento de Mallorca. El tema principal de la reunión es elegir los emplazamientos para situar baterías de costa en puntos de las bahías de Alcúdia y Pollença. Mientras tanto, en Menorca ya se ha establecido un plan, bajo su dirección -y con el asesoramiento del general Balmes, comandante militar de Maó, todo un experto en tiro artillero y armamento- para acelerar la mejora de la defensa artillera de la Mola y proteger la base naval situada a su sombra. Se contaba ya con material moderno, llegado en 1931 a la isla, como los cañones de 381 milímetros. El objetivo se logró en 1935, con las baterías de La Mola y Llucalcari, dotadas con dos piezas artilleras británicas Vickers, modelo 1926, de 381 milímetros de calibre y un alcance de 35 kilómetros. Eran las de mayor calibre en servicio en aquella época en España.
En julio de 1933 se iniciaron en Mallorca unas maniobras de la flota española, presididas por el recién nombrado ministro de Marina, Lluís Companys, posteriormente presidente de la Generalitat de Cataluña. Por ese motivo se conocieron Companys y Franco. Un año después, presididas por el presidente de la República, se celebran unas nuevas maniobras navales de la flota, a las que asiste el presidente de la República, Niceto Alcalá Zamora, y Franco, también como comandante militar de Balears.
Varias de las aficiones que Franco pudo practicar durante su destino en Mallorca fueron las de montar a caballo y la caza. Fueron numerosas las partidas cinegéticas a las que asistió en importantes fincas, especialmente del municipio de Llucmajor. Cacerías de las que se guarda testimonio gráfico. Durante su mando en Balears tuvo que viajar a la península en varias ocasiones. La primera, en diciembre de 1933, fue para seguir un tratamiento médico en Madrid a causa del dolor que le producía la herida en el vientre que recibió en 1916 en Marruecos. Durante esa estancia, falleció su madre. En septiembre de 1934, invitado por el nuevo ministro de la Guerra, Diego Hidalgo, integrado en el Gobierno de Lerroux, tras perder las izquierdas las elecciones generales de noviembre de 1933, ya ascendido a general de división, a estar presente en las maniobras militares a celebrar en León. Una ausencia de Mallorca que se prolongará, ya que a Franco le coge la revolución izquierdista de octubre de 1934 en Madrid. Inmediatamente, el ministro Hidalgo le convierte en su asesor militar, dirigiendo las operaciones militares para sofocarla, tanto en Barcelona como en Asturias. Una comisión de servicio que se alargará hasta el 14 de febrero de 1935, le nombró jefe superior de las fuerzas militares de Marruecos. Franco no regresa a Mallorca hasta pasada la Guerra Civil y como jefe de Estado.
