Guardiola nació el 18 de enero de 1971 en Santpedor (Barcelona). De muy joven empezó a jugar en el Gimnàstic de Manresa. En 1984 pasó a formar parte de la familia de ´Can Barça´. Jugó con los juveniles blaugranas hasta 1990. Un año más tarde, Johan Cruyff lo seleccionó como medo centro del primer equipo. Formó parte del Dream Team. Fue capitán del equipo. Su juego, su carisma y sus logros le convirtieron en un referente y símbolo barcelonista.

En 1992 consiguió junto a Stoickov, Bakero, Ferrer, Koeman, Zubizarreta, Laudrup, entre otros la primera copa de Europa del equipo culé. El mismo año que logró la medalla de oro en los Juegos Olímpicos.

En 1993 y en 1994 ganó la liga española. También, lo hizo en los años 97 y 98.

En el 2001 una lesión lo alejó del campo y finalmente abandono el primer equipo el 11 de abril del 2001.

Después jugó en el Brescia, la AS Roma i otra vez con el Brescia y en el Dorados de Sinaloa (de Culiacán, México).

En el 2007 fue presentado como entrenador del Barcelona B. Un año más tarde lo designaron entrenador del primer equipo.

En este puesto ha conseguido todos los títulos: Copa del Rey, Liga, Champions y Supercopa.