Con permiso de Serra Ferrer y Héctor Cúper, Luis Aragonés ha sido posiblemente el mejor entrenador en la historia del club. El técnico madrileño, de quien ayer se cumplieron dos años de su fallecimiento por leucemia, a los 75 años, entrenó al Mallorca en dos etapas, la temporada 2000-2001 y la 2003-04. Triunfó en ambas campañas, sobre todo en la primera, con la mejor clasificación en la historia de la entidad, tercero con 71 puntos. En su segunda etapa, tras sustituir en octubre al portugués Jaime Pacheco, dejó al equipo undécimo con 51.

Pero por encima de los resultados, lo que destacaba de Luis Aragonés era su gran personalidad. No se mordía la lengua, por eso tuvo siempre tantos problemas. Pero su autoridad y el saber hacerse respetar le confirieron una imagen de personaje diferente al resto de los mortales. Su fichaje en mayo de 2000 fue uno de los grandes éxitos de Mateu Alemany, que calificó su llegada de "oportunidad histórica". De inmediato dio titulares, para dicha de los periodistas. "El Mallorca no baja a Segunda ni con el segundo equipo. Si baja me meto en el mar y no salgo de la bahía", dijo tras una derrota. En noviembre, poco después de ganar en el Bernabéu por 0-2 (Ibagaza y Carlos), criticó a Etoo por decir que necesitaba descanso: "Qué coño descanso. Con 19 años lo que tiene que hacer es jugar y ganar la Liga y la Champions". Con el camerunés mantuvo una relación de amor y odio. El punto culminante se produjo en La Romareda, cuando casi llegaron a las manos tras una sustitución, una historia que merece un capítulo aparte.

Luis, un chulo con gracia, dijo tras ganar al Villarreal y colocarse cuarto: "Estoy tan tranquilo como cuando éramos colistas". En marzo, a falta de once jornadas, alcanzó los 45 puntos al ganar 1-0 al Real Madrid (Luque), partido que es recordado también por el corte de mangas que dedicó al público, que protestó el cambio de Biagini por Luque. En rueda de prensa pidió disculpas. En abril se filtra que se ha comprometido con el Atlético de Madrid, en Segunda. Él lo niega. El 31 de mayo anuncia que no sigue, y que lo tiene decidido desde febrero. No dice dónde va porque no tiene firmado nada con nadie, asegura en rueda de prensa a las once de la mañana de ese día. Doce horas después, en el programa de José María García, cuenta que vuelve al Atlético.

Su segunda etapa comenzó el 13 de octubre de 2003. Regresa para sustituir a Pacheco. Debuta dos días después con un triunfo ante el Apoel Nicosia en Copa de la Uefa por 4-2, y en Liga con derrota por 2-1 en el Calderón. Aquella temporada el equipo encajó sonoras derrotas, como el 1-3 ante el Barça o el 0-5 ante el Valencia, en la mayor derrota como local en Primera. En marzo, tras caer en el Camp Nou 3-2, recrimina la actitud de sus jugadores: "Si se sale, al día siguiente se viene a entrenar, y se entrena con dos cojones. Son ustedes los que se van a Segunda". El equipo se salvó y él se fue a la selección, en lo que fue el principio de todo.