La temporada 2012-13 arrancó mejor de lo esperado para el Mallorca. El curso anterior, con Joaquín Caparrós en el banquillo, el club bermellón llegó a la última jornada con opciones de clasificarse en puestos de Liga Europa. A pesar de contar con las bajas de su pareja de centrales (Chico, que terminó su cesión del Genoa y Ramis, traspasado al Wigan Athletic), el Mallorca no comenzó con mal pie la temporada. Tras cinco jornadas disputadas, era el equipo revelación y ocupaba la tercera posición en la tabla, con 11 puntos de 15 posibles. Sin embargo, en ese momento iban a acabar las buenas noticias. Los partidos comenzaron a contarse por derrotas y la posición del equipo en la clasificación iba bajando de forma progresiva. En el ecuador de la temporada, en la jornada 19, el Mallorca entró en puestos de descenso. Una posición de la que no consiguió deshacerse en lo que restaba de temporada.

La situación en el banquillo y la continuidad de Caparrós comenzaba a estar en duda. A pesar del buen inicio de temporada, después el equipo solo fue capaz de sumar seis puntos de los últimos 51. La situación se convirtió en insostenible después de sufrir cuatro derrotas consecutivas con tres goles encajados por partido. La puntilla para el entrenador sevillano la puso la derrota por 3-0 en Anoeta ante la Real Sociedad. El 4 de febrero de 2013 Caparrós fue destituido. El relevo llegó tan solo un día después: Gregorio Manzano, que regresaba al conjunto isleño por tercera vez en un ambiente hostil por la denuncia que interpuso el jienense a Mateu Alemany, provocada por la deuda que el Mallorca tenía con el entrenador en su etapa anterior. Manzano tomó las riendas del equipo en la decimonovena posición a cuatro puntos de la salvación y en su regreso a Son Moix cosechó un empate a uno ante Osasuna. Hubo cambio en el banquillo pero no en los resultados y el Mallorca no conseguía sacar la cabeza del descenso. Los problemas a nivel defensivo con Geromel y Conceiçao, que no estuvieron al nivel de sus predecesores, y el caos a nivel institucional no ayudaron a que el equipo siguiera cuesta abajo y sin frenos.

El Mallorca llegaba con la calculadora en la mano a la última jornada. Dependía de una cuádruple carambola para conservar su plaza en Primera: Necesitaba ganar al Valladolid y que perdieran el Zaragoza, el Deportivo y el Celta. El Mallorca hizo los deberes y venció 4-2 al Valladolid con Aouate, Luna, Bigas, Geromel, Hutton, Martí, Tissone, Javi Márquez, Alfaro, Gio y Víctor sobre el césped de Son Moix. Por su parte, cayeron tanto el Zaragoza (1-3 contra el Atlético) como el Deportivo (0-1 contra la Real Sociedad). Sin embargo, el Celta cumplió con su objetivo y superó por un gol a cero a un Espanyol sin nada en juego. La permanencia se la quedó el conjunto vigués y el Mallorca volvía a Segunda tras 16 años en la cima del fútbol español. El 1 de junio de 2013 se puso el punto y final a los tres mejores lustros de la historia del Mallorca.