La recuperación como suelo rústico protegido de casi un tercio del suelo urbanizable de ses Fontanelles se justifica porque una parte se corresponde con la zona húmeda del mismo nombre, que es la mayor de Palma y que, además, constituye el vestigio de mayor extensión de la antigua albufera y salinas de l’Horta de Palma y el Prat de Sant Jordi.
Tal como se indica en el estudio previo a la propuesta de nuevo Plan General, que fue estudiado entre otros organismos por la Comisión Balear de Medio Ambiente, en esta zona están presentes numerosas especies de aves, además de albergar distintos hábitats naturales de importancia comunitaria. Entre otros, hay un hábitat considerado prioritario para la conservación de la biodiversidad incluido en la Red Natura 2000, clasificado como un ecosistema en el que viven plantas adaptadas al medio salino como el Limonium barceloi, que es una especie endémica que solo se encuentra en este emplazamiento en todo el mundo y que está en peligro de extinción. También existen ejemplares de tamariscos, un árbol protegido en Baleares desde 2005.
Además de lo anterior, la especial relevancia medioambiental de esta zona se ha puesto de manifiesto con su declaración como microreserva de flora mediante una resolución de la conselleria de Medio Ambiente de mayo de 2008. Lo anterior significa que se trata de un Área Biológica Crítica incluida en el Catálogo Balear de Especies Amenazadas y de especial protección.
