En Palma, los partidarios de Felipe V nunca dejaron de conspirar con el fin de recuperar la soberanía borbónica de las islas. Su objetivo no era otro que el de tomar por las armas las principales instituciones mallorquinas. A la cabeza de este grupo €al que llamaban la sinagoga por los muchos chuetas que en él participaban€ se encontraba Juan Sureda Villalonga, futuro marqués de Vivot. Éste, era el enlace directo con el conde de Alcúdia €virrey felipista de Mallorca que había tenido que huir tras el desembarco del almirante británico John Leake€ y algunos mallorquines exiliados. Estos conspiradores pretendían que el marqués de Rafal, que en aquellos momentos ocupaba el cargo de virrey de Mallorca, se pasase al bando borbónico. En este pretendido alzamiento se dispondría de los tres mil hombres que tenía a su cargo el virrey, a los que se añadirían otros fieles reclutados en Porreres por un misterioso personaje de esa localidad, que desde allí se dirigirían a Palma. Juntos tomarían la capital balear. La ciudad de Alcúdia, en dónde se encontraban muchos partidarios botiflers, también se levantaría en armas a favor de Felipe V. Estos alcudiencs, serían apoyados tanto por un grupo externo de hombres procedentes, también de Porreres, como por otros de la localidad vecina de Pollença. El plan urdido por los conspiradores contemplaba también la ayuda exterior de una flota compuesta por naves de la orden de Malta, del conde de Alcúdia y del duque de Vendôme. Ahora bien, como se ha dicho, todo este plan se basaba en el supuesto de que el marqués de Rafal se pasase al bando borbónico. Y el virrey no sólo no se pasó al bando contrario, sino que hizo detener y encarcelar a los cabecillas botiflers. Era el año 1711.
Fue precisamente durante ese año, cuando aconteció un hecho trascendental para el futuro inmediato de la Guerra: murió el emperador de Austria, José I, y le sucedió en el trono su hermano, nuestro Carlos III. Este nuevo escenario cambió la relación de fuerzas internacionales. Los reinos europeos enseguida comprendieron que el nuevo emperador de Austria podría reeditar su unión con España, tal como había sucedido dos siglos antes con su antepasado Carlos I. Y eso era igual de peligroso, o más, que permitir la unión de España y Francia. La política de los reinos europeos dio un giro considerable que condujo a una serie de negociaciones que se plasmaron en los Tratados de Utrecht y de Rastatt, en 1713 y 1714, respectivamente. Potencias como Inglaterra u Holanda se retiraron de la contienda y Felipe V, previa renuncia a la corona de Francia, tuvo despejado el camino para recuperar el trono hispánico.
De todas formas, con estos tratados, España salió mal parada, pues perdió no pocos territorios extrapeninsulares que ahora pasaban a manos de Austria, Saboya o Inglaterra. Por ejemplo, fue en esos momentos que Gibraltar y Menorca pasaron a ser de soberanía inglesa. Además las tropas aliadas se retiraron de Cataluña, Mallorca e Ibiza, gracias a la firma de un armisticio. La reina gobernadora, Isabel de Brunswick-Wolfenbüttel €esposa de Carlos III€, abandonó la ciudad condal. En cambio, los catalanes no aceptaron la rendición y se dispusieron a resistir. Pocos días después de la firma del Tratado de Utrecht llegó a Mallorca un nuevo virrey catalán, Joseph Antoni de Rubí y Boixadors, marqués de Rubí, con claras instrucciones de la reina de atender las necesidades que se reclamasen desde Cataluña: "Os encomiendo, encargo y concedo toda la facultad necesaria en el caso o casos en que el Principado de Cataluña os pidiere algún socorro de granos, dinero o en otra forma". No fueron pocas las naves mallorquinas que socorrieron a Barcelona con vituallas. Al mismo tiempo, Rubí, inició un plan de defensa de la Isla. Dividió la part forana en diez distritos de guerra, el objetivo de los cuales fue la vigilancia de la costa y la concentración de fuerzas de caballería en cada uno de ellos. El castillo de Bellver y los distintos baluartes de las murallas palmesanas fueron reforzados por cañones procedentes de Menorca. Por su parte, el emperador Carlos €que no renunciaba a reinar los reinos hispánicos€ envió desde Nápoles unos dos mil soldados alemanes€ Pero todos los esfuerzos fueron inútiles. El 11 de septiembre de 1714 cayó Barcelona, lo que significaba que Mallorca e Ibiza se quedaban solas ante el imparable avance borbónico.
Numerosas familias catalanas, partidarias de los Austrias, huyeron a Mallorca en busca del último refugio. Hubo un fracasado intento de convencer a los ingleses para que protegiesen las islas con su poderosa flota fondeada en Maó. El 11 de junio de 1715, desde Barcelona, zarpó, hacia Mallorca, el general belga Claude-François Bidal, conocido como el caballero de Asfeld, con un contingente de unos treinta mil soldados y unos dos mil caballos. Este ejército borbónico estaba constituido por tropas españolas €entre los que se encontraban botiflers mallorquines€, y francesas. Entre estas últimas destacaba un experimentado cuerpo de ingenieros. Intentaron entrar por Santa Ponça, pero fueron repelidos por la artillería. Entonces se reorganizó la flota y se dirigió a las costas de Felanitx, dónde pudieron desembarcar. Desde allí se fueron a Alcúdia. La ciudad mallorquina del norte no opuso resistencia €recordemos que en esa ciudad había no pocos botiflers€. Luego el caballero de Asfeld, dirigió las tropas hacia Palma. El virrey Rubí estaba dispuesto a hacer frente al ejército de Felipe V. En cambio, tanto el Gran i General Consell, como las autoridades eclesiásticas no vieron posible hacerles frente. Palma cayó, tras un breve sitio, el 2 de julio.
El triunfo felipista obligó a muchos mallorquines y refugiados peninsulares a exiliarse. Algunos de ellos zarparon de Mallorca con el marqués de Rubí para dirigirse a Cerdeña. Otros decidieron quedarse en la isla, lo que originó una nueva oleada de bandolerismo. La nobleza mallorquina perteneciente al bando maulet, mayoritariamente, se quedó en la isla. La división entre las diferentes Casas siguió estando patente durante muchos años. De hecho, uno de los objetivos de las nuevas autoridades borbónicas fue el intentar normalizar las relaciones entre las diferentes familias nobiliarias. Por supuesto las familias maulets fueron apartadas de los cargos políticos. Fue en ese proceso cuando se consolidó el pacto endogámico de nueve de las Casas (Ses Nou Cases) principales de la isla. La situación de los exiliados se normalizó en 1725, tras el Tratado de Viena, en que Felipe V y Carlos VI de Austria €nuestro Carlos III€ firmaron la paz entre sus respectivas coronas.
La consecuencia más importante e inmediata que ocasionó la guerra de Sucesión fue la reorganización administrativa y política de los reinos de España. La reforma borbónica, de corte absolutista y centralista, supuso la desaparición de la antigua corona de Aragón. En el caso concreto de la isla, esa reforma se plasmó en el Real Decreto de Nueva Planta, en virtud del cual la mayoría de las antiguas instituciones que habían regido el reino de Mallorca desde época medieval, fueron substituidas por otras nuevas de raíz castellana. Una de las reformas más llamativas fue la substitución del Gran i General Consell por el Ayuntamiento.
