Tras la conquista de Mallorca, los primeros frailes franciscanos –de la rama de los conventuales– arribaron a la Isla. En un primer momento, el rey les cedió un huerto del cual sólo sabemos que había pertenecido a Abo-Abdille Aben-Azac. En 1238, recibieron una casa denominada la "Jabonería de los moros", cerca de la Puerta del Esvaïdor, es decir, la puerta por dónde habían entrado ocho años antes las tropas cristianas. Se trata del antiguo solar dónde luego se construiría el convento de Santa Margarita, en la calle de San Miguel. En 1244 fue bendecida la iglesia, que debió ser más sencilla que la que hoy se conserva. De todas formas, este convento sólo fue ocupado unos treinta dos años por los frailes, pues sus instalaciones debieron quedar pequeñas tras el goteo constante de nuevas vocaciones. Es por ello que después de una serie de permutas inmobiliarias y el decisivo apoyo de Jaime II, se trasladaron a un solar situado cerca del Castillo del Temple, es decir, el actual convento de San Francisco.
En 1279 los franciscanos se instalaban en el nuevo edificio. Trasladaron consigo incluso las sepulturas del antiguo convento. En todas las crónicas aparece la fecha de 1281 como el año en que el rey y el obispo de Mallorca colocaron la primera piedra de la nueva iglesia, la actual. La ceremonia debió de ser muy solemne, con la asistencia de la jerarquía eclesiástica, las principales Casas (linajes) del Reino, y seguida también por el resto de la gente. En los años siguientes la actividad constructiva debió ser muy intensa centrándose al mismo tiempo en la nueva iglesia, el claustro y las dependencias domésticas del convento. En 1317, se empezaron a celebrar misas –con la iglesia todavía en construcción–, al mismo tiempo que el ala del claustro adosada al templo estaba ya finalizada.
El aspecto que presentó la iglesia una vez finalizada (1340) distaba mucho del que presenta en la actualidad. Se trataba de una fábrica mucho más sencilla y austera que la actual. Respondía a los criterios de las Constituciones de Narbona –aprobadas en época de san Buenaventura–, entre los que se prohibían las cubiertas de bóveda y los campanarios en forma de torre. La de Palma, era una iglesia con cubierta de madera a dos vertientes, con una espadaña y una fachada mucho más simple que la actual. En cambio, originariamente, la nave era unos seis metros más larga que la de hoy.
El interior también era muy distinto. El coro se situaba a los pies del templo, en el portal principal y en el ábside se podía contemplar la magnitud del presbiterio, coronado con doble hilera de vitrales, fatalmente mutilado en el siglo XVII, tras la colocación del retablo mayor y el coro. Por otro lado, el claustro, joya de nuestro patrimonio, paraíso de la heráldica medieval, rincón presidido por la paz, el silencio y la belleza, es la parte del convento que mejor ha conservado su aspecto genuino. Las armas del rey y del Reino que blasonan algunas vigas del claustro hacen pensar en el apoyo financiero de estas instituciones para su construcción.
En 1375, la peste acabó con la vida de Antoni Galiana, obispo de Mallorca. Fue substituido por el obispo de Elna, el franciscano mallorquín Pere de Cima. Cima financió muchas obras de la diócesis, entre las cuales se encuentra –tras una relajación de las normas constructivas de la orden seráfica– la substitución de la cubierta de madera de la iglesia de San Francisco por una de piedra. Sus escudos de armas se pueden observar en las claves de bóveda.
En el siglo XV se erigió el bello sepulcro de Ramon Llull. Capitaneó el proyecto el prestigioso lulista Pere Joan Llobet quien realizó el diseño. En la mitad inferior se exaltaba la doctrina universal de Llull. Se debían realizar siete estatuas alegóricas de las siete artes liberales: astrología, geometría, música, aritmética, retórica, lógica y gramática. En 1487, los jurados del Reino contrataron a Francesc Sagrera para que acabase el sepulcro, concretamente el sarcófago y la parte alta del sepulcro.
Casi cien años después, en 1580, un relámpago destruyó la fachada y sus dos capillas adyacentes. Fue entonces cuando se tomó la decisión de partir en dos el ábside, con la intención de trasladar una parte de la bella sillería gótica del coro al piso superior del presbiterio, desfigurando por completo el espacio interior del templo. A finales del siglo XVII, el escultor Francisco Herrera realizó el bello portal barroco de la nueva fachada, el cual aparece presidido por la imagen de la Inmaculada Concepción. Flanquean a la Virgen, Ramon Llull y Duns Escot, mientras que a sendos lados del portal se representan a san Francisco y a santo Domingo. Remata el portal una escultura de san Jorge matando al diablo. La presencia del santo caballeresco viene motivada por ser el convento de San Francisco la sede de la cofradía de San Jorge, institución que aglutinaba al estamento nobiliario de la Isla. Ya entrado el siglo XVIII se levantó la alta torre del campanario, rematada con esa cúpula de reminiscencias orientales. Estas son algunas de las vicisitudes históricas que se han dado en la iglesia y claustro de San Francisco, joyas arquitectónicas de nuestro antiguo Reino.
