La sentencia de la sala de lo contencioso-administrativo del TSJB que da la razón al Obispado frente al decreto 30/2016 declara, por cuatro votos contra uno, que el Govern del Pacto ha vulnerado los derechos constitucionales de las familias y los estudiantes que desean que en segundo curso de Bachillerato se imparta la Religión Católica como materia específica u optativa. Los magistrados señalan que el Govern ha inculcado los derechos fundamentales a la libertad de culto (artículo 16,1 de la Constitución) y el de los padres a que los poderes públicos (la Administración) garanticen que sus hijos reciban la formación moral o religiosa adecuada sus propias convicciones (artículo 27,3)

También el TSJB ha determinado que el decreto cuestionado ha incumplido lo dispuesto en la Ley Orgánica de Educación (LOE) y el Concordato entre el Vaticano y España en relación a la asignatura de religión en el nivel de bachillerato. La sala de lo contencioso menciona que otros Tribunales Superiores, como el de Aragón y Extremadura, han anulado disposiciones similares a la de Balears, donde la Religión no aparecía como materia optativa para los alumnos que acaban el Bachillerato. Por el contrario, el magistrado Pablo Delfont ha emitido un voto particular donde sostiene que la oferta de Religión Católica en ese curso queda al libre criterio de cada Comunidad Autónoma.