Otra de las críticas que efectúa la Comisión Europea al documento balear para el periodo 2014-2020 es la falta de medidas concretas para garantizar la protección ecológica en las áreas de la Red Natura 2000 de Balears. "A pesar de repetidas referencias en el texto, la protección de la biodiversidad no parece generar propuestas de medidas adecuadas con el reto de la protección de la Red Natura 2000", afirma el texto comunitario, que insta a tratar cada zona en función de las presiones que sufre sobre sus hábitats y las especies de interés que habitan en ellas. Precisamente, la entidad ecologista Amics de la Terra presentó alegaciones en el periodo de exposición pública para pedir otras mejoras en la redacción del documento del Govern. Entre otras cosas, los ecologistas criticaban "graves deficiencias en el proceso participativo" legalmente previsto, así como la falta de asignación presupuestaria para cuestiones relacionadas con la lucha contra el cambio climático.
