El traspaso mal dotado económicamente que se hizo de las competencias sanitarias desde el Gobierno central al autonómico y la construcción de nuevos hospitales y centros de salud están lastrando las arcas de la Comunidad. Balears es tras Murcia y La Rioja la que más esfuerzo inversor ha realizado en Sanidad. Entre los años 1995 y 2001 el gasto en esta materia creció un 64%. A partir de la recepción de las competencias en salud y hasta 2008, el desembolso aumentó en un 90%. A pesar de este esfuerzo, la distancia con las comunidades autónomas todavía es muy importante. En 2008 su gasto sanitario por habitante se situó en 1.223 euros frente a los 1.318 de la media nacional o los 1.547 que desembolsa el gobierno del País Vasco.
