La lluvia anuló a Jorge Lorenzo. El mallorquín acabó en última posición en el circuito de Brno, donde Marc Márquez apenas cedió cuatro puntos al italiano Valentino Rossi. Por su parte, el británico Cal Crutchlow, venció en la guerra de estrategias que se planteó antes de la salida del Gran Premio de la República Checa de MotoGP. Crutchlow fue el único piloto que eligió los compuestos duros de neumático tanto en la rueda delantera como en la trasera y ello, merced a que la pista se fue secando al dejar de llover, le permitió adjudicarse una clara victoria por delante de Rossi y Márquez.
Rossi es ahora segundo en la clasificación del mundial, al superar por seis puntos a Jorge Lorenzo, quien en una pésima estrategia del equipo y dado su bajo rendimiento en agua con los neumáticos Michelin, acabó fuera de los puntos, decimoséptimo. Aunque en la salida tanto el italiano Andrea Dovizioso como el mallorquín Jorge Lorenzo se adelantaron al autor del mejor tiempo de entrenamientos y líder del mundial, Marc Márquez, el piloto de Repsol Honda llegó a final de recta por el interior y en un espectacular adelantamiento los superó a ambos para comenzar a tirar con fuerza.
La elección de los neumáticos iba a resultar determinante en una carrera en la que la lluvia que acompañó a Moto3 y Moto2 cesó de caer y en el caso de secarse la pista las condiciones podían cambiar sensiblemente. El italiano Valentino Rossi, sexto mejor tiempo y que al apagarse el semáforo había superado al quinto, el español Héctor Barberá, al final de la primera vuelta se vio relegado a la undécima posición, superado por algunos pilotos poco habituados a las posiciones de cabeza en seco pero que con el asfalto mojado buscaron su momento de gloria.
En el segundo giro Marc Márquez se vio superado por un trío de pilotos de Ducati, los oficiales italianos Andrea Dovizioso y Andrea Iannone, y el británico Scott Redding, al manillar de una Desmosedici GP15, y el líder del mundial no se quiso involucrar en esa pelea, dejando hacer a sus rivales mientras contenía a sus compatriotas Aleix Espargaró, Maverick Viñales y Héctor Barberá. Iannone, brillante vencedor de la carrera en el circuito Red Bull de Spielberg (Austria) hace escasamente una semana, decidió pasar a la acción un giro más tarde y en la cuarta vuelta ya era líder, aunque se llevó tras su rebufo a Redding, que vio la intención del transalpino de escaparse y no dudó en adelantar a Dovizioso. Por entonces, con apenas seis vueltas completadas, Valentino Rossi no era capaz todavía de mejorar su situación y rodaba duodécimo, por detrás de Dani Pedrosa, aunque peor era en el caso de Jorge Lorenzo, ya que el vigente campeón del mundo se 'ahogaba' en la decimosexta plaza. Poco a poco el trío de cabeza fue abriendo un hueco mientras por detrás Héctor Barberá demostró sus cualidades de piloto y tras superar a los dos representantes de Suzuki también doblegó a Márquez; era el séptimo giro, el mismo en el que Rossi comenzó a recuperar posiciones. En los primeros metros de la décima vuelta la carrera perdió a uno de sus principales protagonistas, el italiano Andrea Dovizioso, quien se tuvo que ir largo a final de recta con algún problema técnico.
Iannone y Redding se habían quedado solos al frente de la prueba. Por detrás, el británico Cal Crutchlow, el único que montó los compuestos duros de lluvia tanto delante como detrás, había comenzado una frenética remontada desde la cuarta línea que le colocó tras Márquez en la undécima vuelta y una después ya lo había superado para comenzar la caza de Barberá camino del podio checo. Espargaró tuvo que abandonar su moto en la pista con problemas mecánicos en el decimocuarto giro, cuando Rossi ya era sexto tras superar a los dos pilotos de Suzuki, Lorenzo se encontraban en el décimo puesto, si bien decidió entrar en su taller a cambiar de moto, y en cabeza se habían juntado Iannone, Redding, Barberá, Crutchlow, Márquez y poco después Rossi, que eligió el compuesto duro detrás y blando delante.
A seis vueltas del final Rossi había conseguido superar a Redding y Márquez, para ponerse cuarto mientras que su rival por la segunda plaza del campeonato, Jorge Lorenzo, volvía a entrar en su taller y el desconcierto y las dudas se adueñaban de todo su equipo técnico. Crutchlow dio buena cuenta tanto de Iannone como de Barberá, para ponerse primero, con Rossi superando también a los dos pilotos de Ducati, lo mismo que hizo un poco después Márquez, que en ese orden atravesaron la línea de meta. El francés Loris Baz fue cuarto y Barberá aguantó en la quinta posición, con Viñales noveno, y Tito Rabat décimo, Pedrosafue duo décimo por delante de Pol Espargaró y con Álvaro Bautista decimosexto por delante de Jorge Lorenzo.
