La implantación del sistema de recogida subterránea de basuras por succión o neumática fue polémica desde sus inicios. De hecho, las obras de colocación de las tuberías de acero en el centro histórico de la ciudad por las que debían circular los desperdicios se iniciaron antes de que Emaya tuviera confirmación de la subvención de la Unión Europea, que debía aportar el 80 por ciento del coste de la instalación. Los responsables de la empresa alegaron que se hacía así con el fin de aprovechar las obras que se estaban realizando en aquel momento del Pla Mirall.

El resultado fue que la Unión Europea se negó a pagar el 80 por ciento de los 18 millones iniciales, aunque aceptó abonar el porcentaje correspondiente a 15 millones.

Las obras se plantearon desde un principio en dos fases. La primera debía incluir varias zonas del centro histórico, además de la construcción de la central de recogida en el subsuelo de la Costa del Gas, mientras que la segunda y sucesivas se plantearon con el fin de cerrar el anillo.

Según la documentación aportada por Emaya en junio de 2012, cuando ya el sistema había colapsado, las obras realizadas entre 1998 y 2004 incluidas todas las fases, costaron 26,6 millones, cifra a la que hay que añadir otros 73.000 euros en concepto de instalaciones, maquinaria, utillaje y equipos de informática, lo que supone un sobrecoste del 50 por ciento en relación al inicialmente previsto. Según la información aportada en 2005 por la expresidenta de Emaya Catalina Terrassa, la obra había tenido un coste de 23 millones.

Las denuncias sobre el mal funcionamiento del sistema fueron inmediatas. Los vecinos de la central de recogida denunciaron ruidos y malos olores. Las bolsas de basura se acumulaban fuera de los buzones porque no se instaló el sistema automático previsto para vaciarlos, entre otros motivos. En 2001, DIARIO de MALLORCA ya denunció un caso de presunta corrupción por haber abonado Emaya una factura de una campaña informativa de la recogida neumática que nunca se realizó y que se debía utilizar para la campaña de reelección para un cuarto mandato de Joan Fageda, cuando Catalina Cirer aún no había sido designada como candidata.