En el año 1048, los mercaderes de la ciudad de Amalfi, en el reino de Nápoles, impulsaron un convento hospital regido por benedictinos, que fue denominado San Juan Baptista. Este hospital se destinó a atender a los peregrinos. En 1099, el líder cruzado Godofredo de Bouillón hizo importantes donaciones en Tierra Santa al hospital, por lo que los religiosos de San Juan pasaron a Jerusalén separándose de la tutela benedictina. Fue el embrión de una nueva orden, la del Hospital de San Juan de Jerusalén. Allí, a falta de un ejército organizado, se convirtieron en monjes soldados, en el mismo sentido que lo eran los templarios. Cuando en 1187 Saladino conquistó Jerusalén, los hospitalarios se trasladaron a la ciudad de Acre. Allí se establecieron hasta 1291, momento en que fijaron su residencia en Chipre. En esa isla estuvieron poco tiempo pues en 1310 se trasladaron a Rodas tras haberla conquistado. Por eso, durante aquel período fueron conocidos como los caballeros de Rodas. Finalmente, en el siglo XVI el emperador Carlos I de España les cedió la isla de Malta, residencia definitiva hasta la conquista de Napoleón en 1798. Desde entonces se les conoce como los caballeros de la orden de Malta. Cabe decir que en la larga trayectoria de esta orden, los mallorquines tuvieron un papel nada desdeñable, especialmente desde la época de Malta, momento en que esta institución religioso-militar se había convertido en garante de la seguridad marítima frente a turcos y piratas, y por tanto coincidía con los intereses de los mercaderes mallorquines. Por este motivo, no pocos miembros de la nobleza mallorquina ingresaron en la orden. Prueba de lo mucho que se involucraron en la causa son los tres grandes maestres que dio la isla a los monjes soldado.

En sus orígenes mallorquines, y a diferencia de los templarios, los hospitalarios de San Juan no participaron en la conquista de Mallorca. Llegaron poco tiempo después. En 1230, el maestre hospitalario Hug de Fullarquer vino a Mallorca acompañado de quince caballeros de la orden: Berenguer d'Anglesola, Blasco de Massa, Pere de Montcada, Jofre Rocaberti, Guillem d'Oms, Tomàs de Llupià, Bernat de Santjoan, Dalmau Desfar, Pere de Tagamanent, Marimó de Plegamans i Pere Marquet... Jaime I les cedió algunos dominios para que se estableciesen en la isla. Entre esas donaciones se encontraba una porción del raval de mar junto a la atarazana islámica cedida expresamente para que allí construyesen su casa-hospital y su iglesia. La iglesia fue construida en la esquina de las actuales calles de sant Joan y Vallseca, muy cerca de la Lonja, es decir, en plena zona marinera, muy adecuada para los intereses de la orden. No debieron tardar los hospitalarios en construir su templo, pues se conserva el testamento del pavorde Joan de Verí, fechado en 1276, en virtud del cual hace una donación para los adornos de la iglesia de San Juan. Ahí tenemos los orígenes fundacionales de la que sería conocida como de Sant Joan del Mar, o también, más tarde, como Sant Joan de Malta.

Junto a la iglesia se construyó el hospital del mismo nombre. Éste formaba parte de una red de pequeños hospitales medievales que intentaron cubrir las necesidades sanitarias de la ciudad, hasta que en la segunda mitad del siglo XV se unificaron en una sola institución: el Hospital General. Pocas son las noticias que se tienen del primitivo templo de Sant Joan del Mar. Acaso el documento material más representativo conservado sea la estatua de san Juan Bautista, datada, según los últimos estudios, en el siglo XV; aunque en realidad se trata de una copia ya que la original se conserva en el Museo Diocesano. La estatua presidía el altar mayor y tras las obras de 1957 fue trasladada al tímpano del portal del templo. En esa estatua se puede contemplar la típica representación de san Juan vestido con pieles, a la manera de los ascetas del desierto y portando el cordero. Del periodo medieval poco más se conserva. Tal como apuntó en su día Miquel Duran, este templo sufrió una profunda transformación en 1758, que quitó "el carácter antiguo que antes presentaba". Bendijo el nuevo templo Llorenç Despuig Cotoner, a la sazón hermano del comendador de la orden de Malta en Mallorca, frey Nicolás. La familia Despuig estuvo especialmente ligada a la orden „a modo de ejemplo recuerdo la figura de Ramon Despuig que llegó a ser gran maestre, o del cardenal Antoni Despuig que era prelado Gran Cruz y protector de la Orden de S. Juan„ y también a la iglesia, pues su casa solariega, en la calle Montenegro, se encontraba muy cerca del templo sanjuanista. Ello explica que las armas de este linaje campen por doquier en los muros, bóvedas y otros lugares u objetos de la iglesia.

En 1798, el gran maestre, de nacionalidad inglesa, Hompesch abdicó ante las tropas francesas, entregando Malta a Napoleón. Curiosamente, dos años después, en 1800 los ingleses, gracias a su poderosa Royal Navy, capitaneada por el almirante Nelson, se apoderaron de la isla, incorporándola al imperio británico hasta la proclamación de su independencia en 1964. Con la pérdida de Malta, la orden entró en declive. Esta situación se agravó en España, cuando Fernando VII ordenó la expulsión de los caballeros de Malta. Se supone que, ante este escenario, la iglesia de Sant Joan del Mar debió ser clausurada a finales del siglo XVIII. La situación sólo cambió después de la firma del concordato entre Isabel II y el papa Pío IX (1851) en virtud del cual quedaron extinguidas las jurisdicciones privilegiadas y exentas en España, por lo que la iglesia de Sant Joan se incorporó a la jurisdicción de la diócesis, concretamente pasó a estar tutelada por el rector de la parroquia de Santa Cruz. Durante el siglo XIX destacó el papel que tuvo el rector Joan Reus Perelló que se encargó de la iglesia de 1876 hasta 1901. Él fue el responsable de la colocación del actual retablo mayor, el cual procedía de la parroquia de Sineu. Finalmente, en 1928 la tutela de Sant Joan del Mar pasó a manos de los teatinos. El obispo Llompart, viendo que éstos no tenían más iglesia que su oratorio privado en la antigua casa del capitán Barceló, les ofreció la iglesia maltesa. En 1957, gracias al patrocinio de la familia March, se inició una nueva actuación en el templo. Finalmente, con la intercesión de la orden de Malta, en el mes de abril de 2007 se realizó la última remodelación de la iglesia y su edificio adyacente.