El sindicato Manos Limpias, representado por la abogada Virginia López Negrete, no se siente vinculado por el acuerdo que el expresident Jaume Matas ha alcanzado con la fiscalía Anticorrupción. Y por este motivo, entre otros muchos, el fiscal Horrach se ha negado a comprometerse de momento con Matas para concretar la condena que va a solicitar contra él al tribunal, ya que en este caso la fiscalía no es la única acusación que actúa en el juicio. También lo hace la acusación popular de Manos Limpias, que tiene previsto solicitar una pena mucho más elevada a la que aparentemente quiere pedir el fiscal, dado que Matas está dispuesto a reconocer los delitos y a devolver el dinero, como ya ha hecho entregando la mitad indivisa de su palacete de la calle Sant Felio.
La decisión del tribunal viene vinculada por el principio acusatorio. Los jueces no pueden imponer nunca una pena superior a la que solicita la acusación. En la mayoría de juicios la acusación la ejerce en solitario la fiscalía, pero en este caso es diferente. Hasta seis acusaciones intervienen en el juicio del caso Nóos, aunque la más representativa es la de Manos Limpias. Esta situación permite que el tribunal no se vea vinculado únicamente con la acusación que ejerce la fiscalía. Podría entender más ajustada la propuesta de la acusación popular, en función de la gravedad que interprete sobre la intervención de Jaume Matas al contratar los negocios de Iñaki Urdangarin. Cierto es que Manos Limpias siempre ha mantenido que nunca abriría una línea de negociación con ninguno de los acusados. Pero al final no ha sido así. Ha retirado los cargos contra Miguel Tejeiro, cuñado de Torres, que formó parte del consejo de administración del Instituto Nóos. La acusación lo justifica en un interés estratégico con vistas al juicio. Sin embargo, las razones exactas por las que ha decidido aceptar este acuerdo y no otros de momento no han trascendido.
